曼殊室利！彼佛世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓；随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时．以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中，修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得，端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家．贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习，诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所加。缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
曼殊室利，是为彼世尊药师琉璃光如来应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。
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真言
炉香赞：
炉香乍爇法界蒙熏诸佛海会悉遥闻随处结祥云诚意方殷诸佛现全身
南无香云盖菩萨摩诃萨（三称）
净口业真言：
唵，修利修利，摩诃修利，修修利，娑婆诃。
净意业真言：
唵，嚩日啰怛诃贺斛。
净身业真言：
唵，修哆利，修哆利，修摩利，修摩利，娑婆诃。
净三业真言：
唵，娑嚩婆嚩秫驮，娑嚩达摩，娑嚩婆嚩秫度憾。
安土地真言：
南无三满哆，毋驮喃，唵，度噜度噜，地尾，娑婆诃。
普供养真言：
唵，誐誐曩，三婆嚩，袜日啰斛。
发愿文：
稽首三界尊，皈依十方佛，我今发宏愿，持此药师经。
上报四重恩，下济三涂苦，若有见闻者，悉发菩提心，
尽此一报身，同生琉璃国。亲觐大慈父，殷勤闻真谛，
学习狮子吼，回返娑婆地，度众脱苦海，弘法利群迷。
药师佛赞：
皈命满月界净妙琉璃尊
法药救人天因中十二愿
慈悲弘誓广愿渡诸含生
我今申赞扬志心头面礼
奉请十二药叉大将
奉请宫毗罗大将奉请伐折罗大将
奉请迷企罗大将奉请安底罗大将
奉请额你罗大将奉请珊底罗大将
奉请因达罗大将奉请波夷罗大将
奉请摩虎罗大将奉请真达罗大将
奉请招杜罗大将奉请毗羯罗大将
奉请八菩萨
奉请文殊师利菩萨
奉请观世音菩萨
奉请得大势菩萨
奉请无尽意菩萨
奉请宝檀华菩萨
奉请药王菩萨
奉请药上菩萨
奉请弥勒菩萨
南无本师释迦牟尼佛（三称）
南无药师琉璃光如来（三称）
南无药师会上佛菩萨（三称）
开经偈：
无上甚深微妙法
百千万劫难遭遇
我今见闻得受持
愿解如来真实义
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如是我闻，一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下，与大比丘众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王大臣、婆罗门居士、天龙八部、人非人等无量大众，恭敬围绕，而为说法。
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尔时，曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵曲躬合掌。白言：世尊．唯愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿，殊胜功德；令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时，诸有情故。
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：善哉！善哉！曼殊室利，汝以大悲劝请我说诸佛名号、本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟，当为汝说。
曼殊室利言：唯然，愿说，我等乐闻。
佛告曼殊室利：东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。
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有策不肯干诸侯，有腰不愿逢督邮。此公只合老牖下，早年当去今当留。
头上缨雄冠，腰间悬蒯缑。借问谁家儿，恐是汉时飞将唐药师。
同室有斗民殿屎，李生李生行莫迟。击楫过三湘，振衣登九疑。
道遇梁腾虎，谓我遥相思。寄言兵者是凶器，圣人不得已而后用之。
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